Минфин России в письме от 23 мая 2019 г № 03-04-05/37213 напомнил, если у компании есть обособленные подразделения, НДФЛ уплачивают по месту нахождения головной организации и ее подразделений.
НДФЛ «обособки» рассчитывают из сумм доходов работников этих подразделений. Причем работников, оформленных как по трудовым, так и по гражданско-правовым договорам.
Если же для работника установлены рабочие места и в главном офисе, и в обособленном подразделении, то НДФЛ нужно перечислять в соответствующие бюджеты с учетом фактически отработанного таким работником времени.